Il Grand Finale di quest'esplorazione di alcuni dei punti di contatto tra fantascienza e prog rock viene riservato alla band di progressive metal più nota: i Dream Theater. Il primo disco When Dream and Day Unite (1989) contiene The Killing Hand, nella quale sono presenti spunti fantascientifici. Il protagonista della storia è un uomo che, mentre visita un sacrario in cui viene ricordata la morte di centinaia di persone, inizia un viaggio a ritroso nel tempo al termine del quale scopre che quelle persone sono state uccise per ordine di un dittatore. Questi si accorge della presenza del protagonista e lo fa uccidere. Quando il protagonista fa ritorno al sacrario nel presente si accorge che sulla stele funeraria compare un nuovo nome: il suo.

Nel 1999 la band pubblica uno dei suoi dischi più acclamati: Metropolis, Pt. 2: Scenes From a Memory. Si tratta di un concept album in cui il richiamo alla fantascienza (il protagonista che rivede il passato grazie all'ipnosi) è solo accennato.

Occorre aspettare il 2016 e l'uscita del tredicesimo album in studio per avere un'opera rock pienamente calata nell'ambientazione fantascientifica: The Astonishing. Si tratta di una storia distopica che ricorda nella trama quella di 2112 dei Rush e nella concezione quella delle opere degli Ayreon di Arjen Anthony Lucassen: svariati personaggi, vicende complesse. Così complesse che lo scrittore statunitense Peter Orullian le ha utilizzate per scrivere un romanzo che ha lo stesso titolo e che è stato pubblicato (solo negli Stati Uniti) nella primavera del 2018. Prima dell'uscita del disco la pagina web della band ha fornito vari indizi sulla storia svelando di volta in volta i diversi personaggi, la mappa dei luoghi in cui si svolgono le vicende, alcuni frammenti delle canzoni. Poi, finalmente, è stata pubblicata l'opera (doppio disco, circa cento minuti di musica) ed è stata resa nota la storia.

Nel 2285 si è instaurato negli Stati Uniti un regime totalitario, governato dalla dinastia dell'Imperatore Nafaryus. Nella famiglia reale ci sono anche l'Imperatrice Arabelle, il Principe Daryus e la Principessa Faythe. Sono vietate tutte le forme di svago, compresa la musica che viene eseguita solo da complesse macchine chiamate NOMACS ("Noise Machines"). Tra i sudditi serpeggia ovviamente il malcontento e il desiderio di ribellione, organizzato dalla Milizia Ribelle alla cui guida c'è Arhys che vive nel villaggio di Ravenskill. Suo fratello Gabriel scopre di possedere il dono del canto (The Gift of Music) con cui delizia gli abitanti del villaggio. L'Imperatore ne viene a conoscenza e si reca a Ravenskill con la famiglia, proprio mentre Gabriel si sta cimentando nel prodigio musicale (A Savior in the Square). A questo assiste anche la Principessa Faythe che, rievocando il ricordo segreto di una canzone che aveva ascoltato da bambina, si innamora di Gabriel (Act of Faythe). Anche gli altri membri della famiglia reale si emozionano (When Your Time Has Come) ma Nafaryus, vedendo in Gabriel una minaccia per il proprio potere, ordina alla gente del villaggio di consegnargli l'uomo entro tre giorni con la minaccia di radere al suolo il villaggio (Three Days). Arhys nasconde il fratello (Brother, Can You Hear Me?) mentre Faythe, ricondotta al Palazzo dell'Imperatore, si rimette di nascosto in viaggio verso Ravenskill per rivedere Gabriel. La madre Arabelle, consapevole delle intenzioni della figlia, la fa seguire da Daryus. Questi, da sempre sottovalutato dal padre, si rende conto di avere un'occasione per guadagnare la sua fiducia (A Life Left Behind). Al villaggio Faythe incontra il figlio di Arhys, Xander. Questi lo conduce dal padre che si convince delle buone intenzioni della principessa e lo porta dal fratello. I due si riabbracciano (Ravenskill) e Gabriel comunica a Faythe che un incontro con l'Imperatore potrebbe essere il modo giusto per riportare la pace grazie al dono della musica (Chosen). Intanto Daryus trova la casa di Arhys, cattura Xander e dichiara che per liberarlo vuole Gabriel in cambio (A Tempting Offer). Arhys non può fare a meno di accettare lo scambio per proteggere il figlio (The X Aspect); intanto Fayhte ritorna al Palazzo e supplica suo padre di incontrare Gabriel (A New Beginning). Nafaryus cede alle suppliche e incontra Gabriel in un anfiteatro abbandonato chiamato "Heaven's Cove" (The Road to Revolution). Arhys informa Darius dell'imminente incontro (Moment of Betrayal) ma quando i due arrivano all'anfiteatro Arhys ingaggia un duello con Darius. Il comandante della Milizia Ribelle viene sconfitto e ucciso (The Path That Divides) e non si accorge che il figlio ha assistito alla scena. Poco dopo Daryus vede un'ombra che gli si avvicina furtivamente. Convinto che sia Gabriel, sferra un colpo mortale e si rende conto troppo tardi che si tratta di Faythe (The Walking Shadow). Gabriel giunge sulla scena e vede il fratello morto e l'amata in fin di vita. Copre le orecchie di Xander ed emette un grido disperato che rende Darius sordo ed è udito da tutto il villaggio (My Last Farewell). Nafaryus e Arabelle supplicano Gabriel di usare il suo canto per risvegliare Faythe (Losing Faythe) ma l'uomo, dopo avere emesso quel grido, è diventato praticamente muto (Whispers on the Wind). Gabriel ritrova la voce grazie agli abitanti del villaggio che cominciano a cantare tutti insieme (Hymn of a Thousand Voices): Faythe torna in vita e Nafaryus decide, per ringraziarlo, di mettere fine al conflitto e di spegnere le NOMACS (Our New World), dando così a tutti la possibilità di ascoltare liberamente la musica (Astonishing).

Un'opera rock di estrema complessità che non ha mancato di dividere i fan dei Dream Theater. Che piaccia o no, si tratta indubbiamente di una pietra miliare del felice connubio tra musica rock e fantascienza.