In un futuro apocalittico le Sentinelle, robot creati da Bolivar Trask allo scopo di cacciare e sterminare i mutanti, hanno ampliato la loro direttiva primaria a tutto il genere umano che si trova ormai oppresso e sull'orlo della catastrofe. Uno stanco Charles Xavier decide di utilizzare il potere di Kitty Pryde, chiaramente non solo l'intangibilità come nei fumetti ma la capacità di traslare la mente di un individuo sul piano temporale, per inviare nel passato la coscienza di Wolverine allo scopo di evitare l'assassinio, da parte di Mistica, proprio di Bolivar Trask. La dipartita di Trask potrebbe infatti dare il via ad una catena di eventi in grado di trasformare i robot assassini in qualcosa di inarrestabile. Per fermare la killer mutaforma, Wolverine ed il giovane Xavier non solo dovranno arruolare alla causa nuovi e vecchi alleati ma, in primo luogo, dovranno recuperare il più caro e vecchio amico/nemico di Xavier, il terrorista mutante noto come Magneto convincendolo a collaborare. In una corsa contro il tempo, sullo sfondo delle trattative di pace incentrate attorno alla guerra in Vietnam, ogni giocatore porterà avanti sulla scacchiera il suo gioco per influenzare un futuro nel quale i mutanti rimasti stanno lottando all'ultimo sangue per la loro sopravvivenza e per donare tempo a chi combatte nel passato. 

Un fitto garbuglio temporale ed una struttura complessa quanto ambiziosa, tanto che Singer ha ammesso di aver chiesto aiuto proprio a James Cameron e di averlo vessato incessantemente con le sue domande su come creare qualcosa di credibile muovendosi su più piani temporali interdipendenti. Se nel fumetto originale l'assassinio da prevenire era quello di Robert Kelly, senatore americano e candidato alla presidenza, in grado di fermare o di mandare avanti sia le leggi anti-mutanti che il progetto Sentinella, nella versione cinematografica Singer sceglie di cambiare ancora una volta bersaglio e di accendere il riflettore proprio sul padre del progetto e sulle sue contraddizioni. Interpretato da un Peter Dinklage in ottima forma, Bolivar Trask sarà, da come lo descrive lo stesso Dinklage, un'anima in conflitto con se stessa ed ossessionata dall'altrui diversità per nascondere la propria. Trask avrà, dice il regista, la  follia di Hitler unita ad un'intelligenza lucida e manipolatrice simile a quella di Tony Stark, capacità in grado di mettere seriamente in difficoltà qualsiasi mutante anche se appartenenti ad normale umano.

Una saga a fumetti in grado di influenzare le sorti delle testate mutanti per più di un trentennio è un pesante fardello per un'opera cinematografica destinata a rinverdire una particolare nicchia del mercato supereroistico solo ultimamente nel favore del pubblico. Nella difficoltà potrebbe rappresentare però un'importante opportunità per Bryan Singer, un regista letteralmente innamorato delle sorti dei mutanti sul grande schermo, non solo per rafforzare e consolidare l'idea del suo nuovo corso ma anche, nel futuro di cui si è tanto parlato, per poter eseguire un elegante reboot in continuity della serie. Già si parla del ritorno di Ciclope e Fenice e dell'apparizione di En-Sabah-Nur, il terribile Apocalisse che ci guarderà dai titoli di coda.