La scoperta della nuova realtà della rinata Ripley è uno degli aspetti più interessanti del film. Al centro della storia c'è la scoperta della nuova identità di Ellen, suicidatasi duecento anni prima e per qualche ragione riportata indietro dalla morte. La sua condizione è peraltro assolutamente unica perché le cellule ematiche conservate utilizzate per lo sviluppo del suo nuovo corpo contengono anche tracce del DNA dell'alieno che le stava crescendo dentro prima di morire. Nel cargo mercenario che la trasporta la donna ha modo di far buon uso della sua estrema forza e abilità con il resto dell'equipaggio. Tali abilità quasi sovrumane emergono anche nella sequenza della sfida a pallacanestro. Un numero enorme di ciak fu necessario per girare il momento in cui Ripley si allontana camminando dal canestro, lancia la palla di spalle e centra incredibilmente il cesto. La palla stessa esce di campo per un attimo ma la scena è stata veramente girata senza far ricorso a trucchi o effetti speciali.

Per i responsabili degli effetti trucco degli alieni, la Amalgamated Dynamics di Alec Gillis se Tom Woodruff Jr, c'era anche il compito di cercare di rendere i nuovi aliens leggermente diversi (c'è DNA umano in loro adesso) e ancora più malvagi e spietati. Nonché, forse proprio in virtù del nuovo tratto "umano", estremamente aggressivi anche tra di loro. "Volevamo rendere le creature più feroci e più aggressive" dice Gillis, "per cui abbiamo spostato indietro la fronte e spostato in avanti il mento, dando loro un aspetto più malvagio. Le zampe hanno adesso tra punti di snodo e anche la coda è stata modificata e ha adesso una struttura con una sorta di lame che permette loro anche di nuotare. Speriamo di aver migliorato l'apparenza degli aliens, senza rendersi irriconoscibili rispetto ai primi tre film." Un'altra sequenza chiave che ha richiesto un gran lavoro da parte degli specialisti degli effetti speciali è quella nella quale Ellen entra nella stanza dove sono conservati gli altri suoi cloni, tentativi non riusciti da parte degli scienziati di riportarla in vita. In essi le sue caratteristiche umane sono mescolate in modo vario con quelle aliene, con risultati spaventosi e grotteschi. "La scena coi cloni è veramente incredibile. Mi piace quando tocchiamo tematiche legate alla scienza e portiamo il pubblico in posti che di solito di sognano solamente. E' quando la serie funziona veramente" dice SW, il cui corpo è stato usato come modello per le varie clonazioni abortite e che appare comunque interpretando anche quello più sviluppato, cosciente, che sdraiato sul tavolo le chiede di ucciderla. La scena richiama quella con il capitano della nave del primo film, e va ricordato che quando Alien la clonazione uscì nelle sale quella scena non la si era ancora vista in quanto era stata tagliata dal primo montaggio cinematografico del film di Scott.

Un altro dei punti più spettacolari e avvincenti del film è quello della fuga subacquea degli umani, inseguiti dagli aliens. Per girarlo era stata costruita una profonda piscina nei teatri di posa e sono occorse diverse settimane per completare le riprese necessarie. Sia SW che Wynona Rider concordano nell'affermare che girare questa parte è stata una delle cose più faticose e difficili della loro carriera. Tom Woodruff Jr tornò ad indossare (cosi come fatto in Alien 3, di cui ci siamo occupati su Delos n. 92) una tuta che riproduceva le fattezze aliene e anche per lui si presentarono le difficoltà legate alla sicurezza di girare sequenze riprese sottacqua, senza poter respirare e oltretutto senza poter vedere molto, visto il cappuccio/testa aliena che gli copriva la visuale. Furono girate scene da varie angolazioni, molto dure dal punto di vista fisico, ma alla fine nessuna di queste fu usata. La tecnologia dell'animazione computerizzata stava in quegli anni prendendo piede e gli animatori dei Blue Sky Studios (gli stessi che hanno realizzato i titoli di testa di Star Trek Voyager) furono alla fine coloro che fornirono tutte le immagini che si vedono degli alieni che nuotano sottacqua cercando di catturare gli umani in fuga. I fluidi movimenti degli esseri furono basati su filmati di iguane marine e sono decisamente convincenti, contribuendo in modo decisivo all'efficacia del risultato finale. Per creare le altre immagini generate al computer furono ingaggiate l'americana Digiscope e la francese Duboi. Per il film si utilizzarono anche dei modellini in scala, tecnica sempre meno usata ma ancora con indubbie potenzialità, costruiti dalla Hunter/Gratzner Industries. Complessivamente le sequenze con effetti visivi speciali risultano di eccellente qualità sebbene nella loro realizzazione non sia stata coinvolta nessuna delle ditte più note, come la ILM o la Digital Domain. Il supervisore degli effetti speciali è il francese Pitof (vero nome Jean Christophe Comar), già in precedenza collaboratore di Jeunet e successivamente arrivato alla regia in proprio, per film come Vidocq e Catwoman.