Non mancarono anche qui incidenti e problemi. Le lunghe ‘cavalcate’ a bordo degli elefanti distrussero Harrison Ford che fu costretto ad operarsi d’urgenza in America per sopravvenute complicazioni alla schiena. Le riprese si fermarono così per un mese. La Capshaw, come già prima di lei la Allen, non prese molto a genio l’idea di dover avere a che fare con creature poco simpatiche: non le toccavano i serpenti, ma migliaia di insetti assolutamente veri che furono usati per una delle scene più splatter del film. L’attrice fu costretta a lunghi training autogeni per riuscire a girare la scena con gli insetti che le s’infilavano dappertutto. Il risultato, comunque, fu ancora una volta conforme alle aspettative di Lucas che pur fu ben poco sul set in quanto occupato con la post-produzione di Il Ritorno dello Jedi. Il secondo film, sicuramente, presentava ancora più elementi tratti dal vecchio bagaglio del genere avventuroso del primo: corse spericolate sui carrelli della miniera, spedizioni nella giungla, rituali magici e vecchie superstizioni, favolosi regni perduti. Lucas e Spielberg lasciarono le loro impronte di mani e piedi sull’Hollywood Boulevard,

essendo ormai diventate stelle di prima grandezza del cinema americano. Il successo di pubblico e critica sfiorò il precedente senza tuttavia ottenerlo, a causa delle grandi aspettative che inevitabilmente si erano create intorno al film. Vinse un oscar per gli effetti visivi e guadagnò qualche migliaio di dollari in meno del precedente, ma comunque offrì ai produttori una garanzia più che solida.

A differenza di quanto precedentemente dichiarato, Spielberg accettò subito di girare il terzo film. Il regista sostenne di voler "rifarsi" del secondo, a suo dire troppo cupo, recuperando la leggerezza del capostipite. Lucas al terzo episodio ci pensava da tempo, accarezzando il sogno di una trilogia cinematografica d’avventura che diventasse il canone del genere come la trilogia di Star Wars lo era diventata per la fantascienza; e come per Il Ritorno dello Jedi, era dell’idea che il terzo episodio di Indiana Jones dovesse contenere di più di una semplice avventura alla ricerca di qualche manufatto misterioso (già si pensava al Santo Graal), ma una vera lezione di vita: lo scontro padre-figlio. Fu per questo che la sceneggiatura scritta da Chris Columbus, che coinvolgeva il re delle scimmie e un’avventura nel cuore dell’Africa nera, fu presto scartata perché troppo insipida. Spielberg non voleva sentirne di Graal, ma Lucas infine lo convinse a ripescare l’idea e farne l’oggetto di una quest più metafisica che appunto avrebbe coinvolto Jones senior e Jones junior. La nuova sceneggiatura affidata a Jeffrey Boam sulla base del soggetto di Lucas e delle idee di Spielberg piacque ai due e a Harrison Ford che voleva, per questo ultimo film, un Indiana Jones al suo meglio: si recuperarono i nazisti, i vecchi amici di Indiana Sallah e Brody, lo spirito della ricerca che aveva caratterizzato il primo episodio, e una donna che fosse a metà tra le precedenti Indy-girls, un’affascinante doppiogiochista nazista. Ma il piatto forte sarebbe stato Henry Jones, il padre di Indiana, il cui ruolo nelle menti di tutti non poteva che essere affidato a Sean Connery. L’attore britannico, dopo qualche dubbio, accettò con entusiasmo la parte ma, dopo aver letto il copione, insistette per una completa riscrittura del suo personaggio: ne uscì un vero co-protagonista le cui gag con il figlio sarebbero state la base dello humour del film. Per la parte di Elsa Schneider, la controparte femminile di Indiana, Spielberg si mise in cerca di una bionda australiana di 28 anni. Si trovò invece un’irlandese di 24, Alison Doody, con poche esperienze ma una grande voglia di diventare una bond-girl. Il ruolo di Indy-girl la entusiasmò anche di più. River Phoenix fu infine scelto per interpretare il giovane Indiana Jones nelle scene introduttive del film, che avrebbero spiegato in pochi minuti tutti i particolari della vita dell’archeologo, dal suo scontro col padre all’amore per il suo cappello fino all’orrore viscerale per i serpenti.